Passeggiando nel centro storico di Agnone, ma anche al di fuori di esso, si incontrano diversi edifici religiosi, alcuni dei quali molto conosciuti, altri meno famosi ma non per questo meno interessanti e suggestivi. La chiesa più importante della cittadina è la Chiesa di Sant'Emidio, nonché Duomo di Agnone. Risalente al XV secolo, l’edificio presenta un'elegante facciata con un artistico portale gotico sormontato da un grande rosone. L’interno, a due navate, custodisce pregevoli capolavori come il gruppo delle 13 statue in legno che raffigurano Gesù tra gli Apostoli, opera di un artista locale attivo nel XVII secolo, e le sculture realizzate da Giovanni e Amalia Duprè.
Un altro edificio religioso di particolare interesse è la Chiesa di San Marco Evangelista, le cui origini sono antichissime. La chiesa presenta in facciata un bel portale lapideo mentre l’arredo è costituito da altari barocchi con intarsi in legno. Ricco il corredo artistico del XVIII e del XV secolo, compreso un magnifico ostensorio in argento realizzato dall'orafo agnonese Giovanni Rizio, un autentico capolavoro in stile bizantino. Non meno interessante è la Chiesa di San Francesco, risalente al XIV secolo. Considerata monumento nazionale, la chiesa presenta un raffinato portale gotico con sovrastante rosone ben lavorato. Di notevole valore artistico al suo interno gli affreschi del molisano Paolo Gamba, la Tavola dell’Assunta, l’altare in legno intagliato di San Crescenzo e la statua della Concezione attribuita al Colombo.
L’edificio di culto più antico è la Chiesa di San Biase, ubicata nell’attuale centro storico. La chiesa, costruita per volere dei principi Borrello e dedicata al Vescovo e Martire di Sebaste, presenta al suo interno, oltre che diversi altari in legno e dipinti su tela, opere dell'artista locale Giuseppe d'Apollonio. Nelle immediate vicinanze si trova la Chiesa di Santa Croce, eretta nel 1446 da Giovanni da Capestrano per celebrare la pace raggiunta fra le fazioni agnonesi. Al suo interno conserva opere pittoriche di artisti quali Pelle, Gamba e Teodoro. Sempre nel centro storico si trova la Chiesa di San Nicola, dove spicca per il suo elegante campanile con la cuspide maiolicata che risale al X-VI secolo. Al suo interno spicca una tela raffigurante la Pietà, donata dai Baroni Gigliani e realizzata nel XVIII secolo.
Altre chiese di matrice conventuale sono: la Chiesa di S. Antonio Abate, con annessa torre campanaria visitabile, che risale al XII secolo e presenta un interno riccamente dorato con altari, argenti e dipinti del XVIII secolo; la Chiesa di Santa Chiara, al cui interno si custodisce un interessante corredo ligneo in stile rococò, tra cui due altari lignei finemente intagliati e dorati; e la Chiesa dell’Annunziata, dove è ubicato un pregevole organo barocco, uno dei più importanti dell'intera regione. Fuori della cerchia muraria si trova invece la Chiesa di San Pietro a Maiella, di fattura tardo barocca, con il prospetto in pietra squadrata a vista.
Per caratteristiche architettoniche e opere custodite meritano una visita anche: la piccola ma preziosa Chiesa di San Giacomo Apostolo, denominata anche della Santissima Trinità, edificata nel XIII secolo nella piazza principale del centro storico; la Chiesa di San Pietro Apostolo, dove sono conservati considerevoli altari in legno seicenteschi; la Chiesa di Sant’Amico, di epoca medioevale, al cui interno si possono ammirare notevoli elementi di pregio, a cominciare da "la pace di Sant'Amico", una tavoletta in argento del 1520; e la Chiesa di San Bernardino, risalente al XV secolo.
